То есть вы хотите, чтобы у него был домашний каталог за пределами /home?
Вы можете использовать опцию -d useradd, чтобы указать альтернативное домашнее местоположение.
Что касается "он может получить доступ только к своей домашней папке", вам нужно быть более конкретным, чем это. Программы могут иметь проблемы с запуском, если у них нет доступа к /tmp, /proc или /dev.
РЕДАКТИРОВАТЬ: если вы не хотите, чтобы ваш пользователь запускал программы, просто имейте доступ к некоторым файлам для чтения, вам лучше поделиться своими данными через https (возможно, с webdav, если вам нужно чтение-запись). Таким образом, вам не нужно создавать пользователя Unix.
Вы можете использовать FTP, но это небезопасно, если не используются неизвестные расширения безопасности. По крайней мере, вы можете настроить SSH так, чтобы пользователю разрешалось только запускать сервер sftp. Все эти варианты гораздо менее хлопотны, чем установка chroot-тюрьмы.