Кевин, должно быть вполне возможно сделать то, что ты описываешь, предполагая, что по крайней мере одна сторона VPN имеет возможность перенаправлять порты. Если обе конечные точки VPN находятся за одно-многими NAT, вам понадобится нечто большее, чем просто Tinc.
Однако, если вы можете перенаправить порты на одну из ваших конечных точек, то вам повезло. Вот описание, которое я собрал, объясняющее, как заставить Tinc работать на Ubuntu, Windows 7 и Centos. Это охватывает все настройки Tinc, но не как установить переадресацию портов.
Как только вы настроите tinc и будете работать на обоих концах, вы просто сделаете ваши git-вызовы по IP-сети VPN (что-то вроде 172.20.20.100 в моих примерах):
git clone git@172.20.20.100:reponame.git