Я не думаю, что это возможно с образом ISO - вы не можете "записать" на образ диска. Это не то, для чего нужен формат. Не существует такого устройства для чтения компакт-дисков, которое может напрямую записывать файлы на компакт-диск.
Однако вы можете использовать такой инструмент, как MagicISO или PowerISO, чтобы удалить или добавить файлы к существующему образу диска ISO. Тем не менее, когда вы на самом деле сохраняете ISO-образ, он перезаписывает весь образ диска в зависимости от формата.
Наконец, если базовая файловая система в файле ISO основана на UDF, может быть возможно реализовать запись непосредственно в виртуальный привод, позволяя ему действовать как виртуальный CD-RW. При этом я считаю, что снижение производительности будет намного хуже, чем использование инструмента редактирования ISO.
Если вы хотите имитировать реальную флешку, вам нужна виртуальная файловая система. Одним из самых простых способов было бы использовать TrueCrypt для создания виртуальной (зашифрованной) файловой системы в одном файле. Затем вы можете смонтировать этот файл и использовать его как любой другой жесткий диск / флешку. Размонтируйте его, и ваши данные будут сохранены в одном файле (который вы можете перемонтировать в любое время в любой компьютерной системе).
Существуют альтернативные программы, которые могут делать то же самое (и без шифрования), но TrueCrypt является бесплатным, открытым исходным кодом, кроссплатформенным и довольно простым в использовании.
При этом, поскольку вы прокомментировали то, что вы действительно пытаетесь достичь, вы должны использовать виртуальный эмулятор дискет. Это позволит и для чтения / записи доступ к виртуальному диску, и должен работать с соответствующей буквой диска.