Если вы используете реальный раздел для VirtualBox, вы не сможете записать в MBR диска, так что это не реальная опасность, если вы не укажете весь диск или неправильный раздел.
Согласно http://www.virtualbox.org/manual/ch09.html#rawdisk, MBR гостя записывается в файл, а не в раздел.
В некоторых конфигурациях может потребоваться изменить код MBR созданного образа, например, заменить загрузчик Linux, который используется на хосте, другим загрузчиком. Это позволяет, например, гостю загружаться непосредственно в Windows, в то время как хост загружает Linux с "того же" диска. Для этого предусмотрен параметр -mbr. Он указывает имя файла, из которого нужно взять код MBR. Таблица разделов не изменяется вообще, поэтому можно использовать файл MBR из системы с совершенно другим разделением. Примером этого является
VBoxManage internalcommands createrawvmdk -filename /path/to/file.vmdk
-rawdisk /dev/sda -partitions 1,5 -mbr winxp.mbr
Модифицированная MBR будет храниться внутри образа, а не на диске хоста.
Созданный образ может быть присоединен к контроллеру хранилища в конфигурации виртуальной машины как обычно. "