У меня на самом деле та же проблема, что вы описали. Более точное описание моей конкретной проблемы (просто чтобы убедиться, что оно совпадает с вашей):
При поиске (переходе временных кодов) во время воспроизведения WMV, когда видео возобновляется с нового временного кода, видео временно ускоряется (оно начинается на несколько секунд позади точки поиска), в то время как звук правильно выравнивается с точкой поиска. Когда видео, наконец, перехватывает звук, воспроизведение возобновляется должным образом синхронизированным.
В моем случае я обнаружил, что проблема проявляется только в медиапроигрывателях на основе DirectShow (Windows Media Player, Media Player Classic и т.д.). Единственный мультимедийный проигрыватель, который я использовал, который не имеет этой проблемы, это VLC Media Player, который использует полностью автономные кодеки для воспроизведения.