Убедитесь, что вы действительно используете JDK. Вы можете сделать это, став root или используя sudo для проверки программы "альтернатив". По умолчанию Fedora использует gcj. Вы можете сказать ему использовать JDK, правильно настроив свои альтернативы.
[root@localhost ~]# alternatives --config java
There are 3 programs which provide 'java'.
Selection Command
-----------------------------------------------
* 1 /usr/lib/jvm/jre-1.4.2-gcj/bin/java
2 /usr/java/jdk1.6.0/bin/java
Enter to keep the current selection[+], or type selection number: 2
[root@localhost ~]#
Возможно, вам придется сказать альтернативы, что существует другая версия Java. Инструкции хорошо определены в справочной странице по альтернативам. Вам нужно будет сделать нечто подобное для jar и javac. Убедитесь, что путь соответствует вашей установке JDK.
Обновлено 27.08.09 Кажется, это хорошо известная проблема с Java и Fedora 8.
Не могу установить Netbeans на Fedora 8
Вот обходной путь из списка рассылки netbeans ...
Netbeans.org обходной путь