Пробная версия Sony Vegas Movie Studio или Sony Vegas Pro, вероятно, будет самым простым выходом. Просто зайдите на график и нажмите S, чтобы нарезать видео. В качестве альтернативы вы можете использовать Adobe Premiere (CS5 якобы очень хорош сейчас) или любой другой приличный NLE. Убедитесь, что разрешение вашего проекта и частота кадров соответствуют вашим.Клип мов.
Вы также можете использовать Avisynth, который является фантастическим инструментом, но не совсем удобным для пользователя.
http://avisynth.org/mediawiki/Main_Page
Microsoft Expression Encoder 3 - это бесплатный и довольно элегантный инструмент кодирования / обрезки VC-1 (используйте Mark in / Mark Out на временной шкале). Он принимает .mov в качестве входных данных без каких-либо проблем.
Все вышеперечисленное включает в себя перекодирование вашей записи.