Я думаю, что было изменение в цветовых пространствах. 
Давайте рассмотрим простой пример: возможно, вы читали логотип как RGB раньше. Красные части были сохранены как 0xFF0000 . Вы также можете сохранить его как BGR - и там вы будете иметь свои поменяемые красным и синим значениями, потому что часть FF будет интерпретироваться как синяя часть вместо красной.
Хуже того, вместо этого видео будет преобразовано в YUV , где цвета могут быть смешаны еще больше, поскольку теперь оно разделено на Luma и Chroma вместо необработанных значений цвета.
Я бы предложил следующее:
- Найдите настройки для цветовых пространств ввода / вывода и попробуйте поэкспериментировать с этим. Может быть, здесь что-то смешалось.
- Сохраните новую версию вашего водяного знака, возможно, с другой программой.