Как вы знаете, Microsoft выпустила .NET 4, который компилируется в другой байт-код, чем .NET 2 (и 3, 3.5).
Я знаю, что Mono использует тот же формат байт-кода, что и .NET 2, а это означает, что при определенных условиях исполняемые файлы, нацеленные на .NET 2/3/3.5, могут работать на Mono.
Однако все больше и больше программ .NET 4 разрабатываются и выпускаются, и я не смог определить, есть ли планы по поддержке байт-кода .NET 4 в Mono.