Вы не говорите, о какой версии Windows вы говорите (если вы спрашиваете о конкретной версии).
В Vista обновление Windows использует точки восстановления системы - оно создает их перед установкой обновлений (даже, что довольно неприятно, обновлений шаблонов Защитника Windows).
Вы можете запретить установщику Windows создавать точки восстановления системы, задав (или создав) ключ реестра HKLM\SOFTWARE\Policies\Microsoft\Windows\Installer\LimitSystemRestoreCheckpointing со значением 1.
Лучший способ сделать это в Business и Ultimate - запустить gpedit.msc и в разделе "Конфигурация компьютера", "Административные шаблоны", "Компоненты Windows", "Установщик Windows" дважды щелкнуть "Отключить создание контрольных точек восстановления системы" и установить для него значение "Включено".
Имейте в виду, что это приведет к отключению создания точки восстановления системы для ВСЕХ установок программного обеспечения, а не только для обновлений Windows.
Я не знаю ни одного способа изменить поведение Центра обновления Windows.