Не знаю, что будет один инструмент для достижения того, что вы хотите.  Но, комбинируя, вы можете быть довольно близки.  Каталог инструментов, инструментов сравнения, дубликаты файловых инструментов ...
Взгляните на Altap Salamander (условно-бесплатное программное обеспечение) и, в частности, на его утилиту сравнения каталогов.  Для сравнения можно использовать различные методы или комбинации; размер, дата / время, атрибуты, содержимое и подкаталоги.
Поэтому, если у вас есть два похожих дерева, которые вы просматриваете, он может быстро отфильтровать те идентичные участки дерева (на основе вашего метода сравнения), а затем начать сравнение различных оставшихся деревьев.
Два главных уровня. R: & S:.  R: вид источника, а S: вид резервной копии.  Первоначально они были такими же, намеренно продублированными, но со временем появились дополнения к R: & иначе переставленные и очищенные.
Выделенные (красные) директоры не идентичны (в соответствии с моим методом сравнения), поэтому удаление любого из не выделенных каталогов S: приведет к удалению только дублированных деревьев каталогов.
A # 1, _from_USR, beat, bla, black ... все можно смело удалять.
Теперь _from_C отличается (выделено красным).

Поэтому, если я прыгаю в каталог _from_C и запускаю другое сравнение, снова выделяются различия, которые нельзя удалить.  Итак, снова я могу безопасно удалить из S: _ecclectic, _Instrumental, 12 Girls Band ...  Теперь некоторые каталоги являются совершенно новыми в R: & не в S: вообще, как _flv & 10cc.  И снова некоторые каталоги разные.  Так что, если я прыгаю в соответствующие каталоги _metal & Compara оттуда, я получу больше различий.  В некоторых случаях я мог добавить m3u или скриншот (jpg), которых раньше не было, вызывая различия.  Так что по сути то же самое, но вещь здесь или там, которая делает их фактически не сравнивать.  И как только вы попадаете в каталог нижнего уровня в определенном дереве, различия становятся понятными (обычно).  (С MP3, MS, WMP имеет привычку связываться с тегами MP3, которые изменят дату / время файла и его содержимое, но не обязательно размер.  Я никогда не использую WMP из-за этого.)

В любом случае, добавление в смесь такого инструмента, как Саламандра (различных инструментов), мне кажется, может быть полезным.  (Не говоря уже о том, что Salamander тоже отличный файловый менеджер.)