То, что вы предложили, не сработает (многие файлы будут использоваться), но вы все равно не захотите этого делать. Дело в том, что все в C:\Windows (среди других папок) уже ВКЛЮЧЕНО на новый компьютер, и если есть части, которые НЕ ПРОТИВ, они могут запутать компьютер, если они там будут. Точно так же, если вы сделали это, вы не сможете скопировать все параметры реестра. Без них компьютер не был бы настроен правильно. Вам нужно скопировать в папку «Документы и настройки» (или «Пользователи») и переустановить все программы. Это единственный способ гарантировать, что все важное скопировано, не разрушая новый компьютер.
Если они уверены, что хотят ВСЕ свои файлы, даже если там (вы) говорит им, что они получат каждый файл, который им небезразличен, а многие - нет, то вам также следует использовать решение Multiverse IT и получить вложение, чтобы превратить старый жесткий диск во внешний.
PS В нашей семье двое из нас троих гики. У нас всегда есть чрезмерное резервное копирование при перемещении компьютеров. Мы определенно пошли бы на вариант вложения. Однако я могу сказать вам по опыту - мы НИКОГДА не будем его использовать, даже не один раз.