Чтобы это работало без сбоев, одна и та же (общесистемная) установка GTK+ должна использоваться всеми приложениями. В настоящее время рекомендуемая процедура для Windows заключается в частной установке всех сторонних библиотек для каждого приложения, что делает каждое приложение отдельным (что приводит к возникновению таких проблем). Это связано с тем, что Windows не предоставляет другого решения для сторонних приложений, которое было бы надежным и удобным для пользователя. На первый взгляд, есть два хороших решения проблемы: либо Windows предоставляет приложениям способ указать, какие версии сторонних библиотек им нужны, и они автоматически устанавливаются и обновляются (как, например, в Linux), либо Windows поставляется со своим официальным сборка GTK+, с которой сторонние приложения должны быть совместимы (как, например, в Irix). Это ситуация.
С другой стороны, если вы можете принять не дружественное для пользователя решение: я слышал, что более новые версии Windows поддерживают символические ссылки, чтобы вы могли таким образом объединить все соответствующие файлы. Но вам может понадобиться быть внимательным к различным версиям GTK+. Или вы можете вручную установить и поддерживать GTK+ в своем собственном каталоге и удалять его из всех каталогов приложений. Но для этого требуется некоторое понимание работы с Windows DLL.