Мои предпочтения в следующем порядке: команды подстановки perl, vim (vi, gvim и т.д.), Sed и awk.
Perl - это тяжелая программа, которая также может выполнять математику. Смотрите http://perlmonks.org/ для более подробной информации.
Vi - это хорошо известный текстовый редактор, который есть во всех системах * ix (Linux, Unix и т.д.), Который, между прочим, может выполнять неплохие сценарии.
Сед, хорошо, смотрите http://linux.die.net/man/1/sed
Awk (gawk и его братья), ну, смотрите http://linux.die.net/man/1/awk
... почти забыл. Абсолютно лучшим и с ценой, чтобы соответствовать, является PowerGrep. Без сомнения, самый простой способ формулировать сложные запросы и замены текста в DOC, TXT и других файлах.