Попробуйте Ubuntu Tweak.
Описание возможностей Ubuntu Tweak на его сайте:
В настоящее время он предназначен только для Ubuntu GNOME Desktop и часто следует новейшему дистрибутиву Ubuntu.
* View of Basic System Information(Distribution, Kernel, CPU, Memory, etc.)
* GNOME Session Control
* Auto Start Program Control
* Qucik install common usded applications
* A lot of third-party sources to keep application up-to-date
* Clean unneeded packages or cache to free the disk space
* Show/Hide and Change Splash screen
* Show/Hide desktop icons or Mounted Volumes
* Show/Hide/Rename Computer, Home, Trash icon or Network icon
* Tweak Metacity Window Manager’s Style and Behavior
* Compiz Fusion settings, Screen Edge Settings, Window Effects Settings, Menu Effect Settings
* Set the Shortcuts to let qucikly access your favourite applications
* GNOME Panel Settings
* Nautilus Settings
* Advanced Power Management Settings
* System Security Settings
Вам также следует изучить пакеты deborphan и debfoster, которые помогут вам избавиться от пакетов, которые больше не нужны.
Изменить: Ссылка на мой ответ на аналогичный вопрос, который содержит примеры того, как debfoster и deborphan используются на практике.