Вы можете использовать /etc/fstab для обработки монтирования файловых систем при запуске.
Например, на моем ноутбуке у меня двойная загрузка Windows 7 и Ubuntu 10.04. Когда я нахожусь в Ubuntu, мне нравится иметь доступ к моим разделам NTFS. Все, что я делаю, это просто монтирую свои разделы, добавляя запись в мой fstab как показано ниже:
# /etc/fstab: static file system information.
#
# <file system> <mount point>   <type>  <options>       <dump>  <pass>
proc            /proc           proc    nodev,noexec,nosuid 0       0
# Linux Drives were here (root file system, swap)
UUID=theuuid01  /mount/Windows/SystemReserved   ntfs-3g quiet,defaults,rw,uid=1000,umask=0022   0   0
UUID=theuuid02  /mount/Windows/C    ntfs-3g quiet,defaults,rw,uid=1000,umask=0022   0   0
Поэтому при каждой загрузке мои Windows-диски доступны для операций чтения / записи с идентификатором пользователя, установленным на мой личный. 
Очевидно, что это будет работать и с разделами ext style, но NTFS немного сложнее, и это хороший пример. Обязательно прочитайте справочные man pages на fstab для получения дополнительной информации.