Немного трудно понять, не зная, в какой операционной системе вы пытаетесь это сделать.
Если вы работаете в операционной системе с UAC, я бы сначала попытался запустить приглашение с повышенными правами CMD:
Войдите в систему как пользователь Admin. Нажмите Пуск, затем в поле поиска введите CMD. Щелкните правой кнопкой мыши файл CMD.exe и выберите «Запуск от имени администратора». Теперь попробуйте свой Net Stop/Start и посмотрите, работает ли он.
Если это работает, то, по крайней мере, вы можете сузить проблемы (т.е. это не должно быть проблемой с разрешениями для конкретного пользователя). Если это не работает, то у вас, вероятно, есть проблема с разрешениями для этого пользователя.
Также попробуйте поискать в Event Viewer, чтобы узнать, сообщает ли он о конкретной проблеме (например, он может сказать вам, почему он не может остановить / запустить эту службу).
Если вы обновили Windows Server 2003, вы можете обнаружить, что runas (и щелкните правой кнопкой мыши Запуск от имени администратора) не работает. Существует статья Microsoft, в которой представлены некоторые способы решения этой проблемы - см. Http://support.microsoft.com/kb/977513.