Флоппи-диски, отформатированные в FAT, должны быть видны в любой операционной системе.
У меня часто возникали такие проблемы - страшное старое сообщение "Диск не отформатирован", обычно это был либо умирающий один из накопителей, либо сам флоппи-дисковод не поддерживает формат (например, использование дисков объемом 1,4 Мб в Диск 720Кб).
Самое простое, что я могу порекомендовать, это одно из следующих:
Если у вас есть сеть на старой машине, попробуйте установить клиент ftp на машине Win3.1 и Filezilla на машине XP.
Если у него есть сетевая карта, но она не настроена, попробуйте использовать Linux live CD, чтобы снова передать данные по FTP.
Если на обеих машинах есть последовательный кабель, попробуйте отследить старую копию laplink или аналогичную.
Есть несколько других вариантов, но если все хуже и хуже, проще всего отсоединить жесткий диск и подключить его к док-станции USB или подключить прямо к новой машине и скопировать.