Из статьи в Википедии о U3:
U3 - компания, производящая запатентованный метод автоматического запуска приложений со специально отформатированных USB-накопителей. Флэш-накопители, соответствующие спецификации U3, называются "интеллектуальные накопители U3". Смарт-диски U3 поставляются с предустановленной панелью запуска U3, которая похожа на меню "Пуск" ОС Windows и управляет установкой программы. Этот метод работает только с последними системами Microsoft Windows. Приложениям, которые соответствуют спецификациям U3, разрешается записывать файлы или информацию реестра на хост-компьютер, но они должны удалять эту информацию при извлечении флэш-диска. Настройки и настройки хранятся в приложении на флэш-накопителе.
Лично я не использую программное обеспечение U3, но некоторые менее технологически склонные люди в моем офисе ценят встроенное управление файлами на их флешку. Вы также можете устанавливать переносные приложения на накопитель, но, опять же, мне проще обслуживать свои флэш-накопители самостоятельно и использовать http://portableapps.com/.