При запуске Windows Live Messenger в Windows 7 он не свернется с иконкой в трее. Установка приложения в режим совместимости с Windows Vista заставит его работать.
Этот обходной путь хорошо описан во многих статьях, например
Как режим совместимости меняет поведение свертывания Windows Live Messenger? Я предполагаю, что Windows Live Messenger не проверяет, как он настроен, поэтому должно быть что-то на стороне ОС, делающее это.