Я не уверен, что это действительно проблема совместимости операционной системы. Жесткие диски имеют различные интерфейсы, и не все интерфейсы совместимы со всеми системами. В наши дни большинство жестких дисков используют интерфейсы SATA или SATA II, которые имеют различные типы соединений для передачи данных и питания, чем у устаревших дисков IDE. Если у вас старый компьютер, это может быть несовместимо, хотя есть адаптеры (однако я не рекомендую адаптировать).
При покупке более крупных и новых жестких дисков может возникнуть более серьезная проблема: если они используют SATA, ваша система поддерживает используемую версию SATA. Большинство новых компьютеров поддерживают SATA I и SATA II, однако существует стандарт SATA III, который очень ограничен, и следует проявлять осторожность при покупке высокопроизводительных дисков SATA. Хотя диск SATA III можно использовать со старыми системами SATA II, вы не получите первоклассной производительности, которую обеспечит полное соответствие SATA III. Это особенно актуально, если вы хотите приобрести высокоскоростные SSD-диски высшего класса.
Помимо возможных проблем с физической совместимостью, учитывая, сколько лет Windows 2000 (и, возможно, XP), вам может потребоваться убедиться, что ваша система полностью исправлена последними пакетами обновлений и обновлениями для использования дисков SATA.