Time Machine не будет создавать резервные копии разделов, которые не отформатированы Mac OS Extended (например, HFS+). Поэтому раздел с двойной загрузкой не будет автоматически сохраняться. При этом программы, которые выполняют резервное копирование всего диска, включая разделы, как правило, должны использоваться для клонирования всего диска одним выстрелом, а не для регулярного резервного копирования, на мой взгляд. Отличный инструмент для резервного копирования, если ваша ОС с двойной загрузкой - Windows, это Winclone. Используйте его в сочетании с Time Machine, и ваша система должна иметь достаточную резервную копию. Несмотря на изображение ниже, показывающее Macintosh HD, Winclone специализируется на разделах FAT32/NTFS.
РЕДАКТИРОВАТЬ
В случае, когда ОС с двойной загрузкой - Linux, я бы предложил отформатировать внешний жесткий диск с двумя разделами с теми же файловыми системами, что и у ОС. Затем выполните резервное копирование каждой ОС независимо с помощью инструментов, доступных в хост-ОС. Опять же, я думаю, что гораздо надежнее регулярно делать резервные копии измененных файлов, а не клонировать весь диск. Так, например, rsync в Linux и Time Machine в OS X.
РЕДАКТИРОВАТЬ 2
Winclone, кажется, больше не выпускается. Обычные утилиты резервного копирования Windows можно использовать вместо внешних в формате NTFS.