Windows 7 поддерживает записи загрузчика в \bootmgr, чтобы изменить это, вы можете использовать bcdedit, утилиту командной строки, которая является частью Windows 7. Небольшой учебник:
Модификация загрузчика Windows 7
Для удаления записи используйте:
Bcdedit /delete {boot loader identifier}
Где идентификатор - это запись, которая вам больше не нужна. Просто запустите bcdedit, чтобы увидеть записи в разделе загрузчика.
В качестве альтернативы вы можете использовать EasyBCD от Neosmart. По сути, это графическая версия bcdedit. После регистрации версию 2 можно найти на форумах, однако в Windows 7 отлично работает 1.7.2.