Pidgin разработан специально, чтобы не красть фокус окна. Было бы неплохо, если бы была возможность позволить это сделать, но в настоящее время нет. Я лично нахожу клиентов IM, которые крадут центр, очень раздражает, так как они отвлекают от моего рабочего процесса, но каждый к их собственным.
Что вы можете сделать, это настроить Pidgin для установки состояния окна на "нуждающийся", когда приходит новое сообщение. Это заставит окно и значок на панели задач мигать, пока вы не выделите его. Обычно этого достаточно, чтобы привлечь мое внимание. В Pidgin 2.7.0 есть ошибка, которая не позволяет мигать должным образом, но это было исправлено в 2.7.1, поэтому убедитесь, что вы используете последнюю версию.