Попробуйте отключить "Genius" на вашем iPhone, если он у вас включен. (Для этого вам нужно отключить его в iTunes, а затем синхронизировать ваш телефон.) Это, кажется, исправило это для меня.
Эта проблема сводила меня с ума в течение нескольких месяцев, и я отложил синхронизацию своего iPhone на несколько дней, чтобы не потерять свое место. Казалось, что это как-то связано с «мини-синхронизацией», которая произойдет сразу после того, как я подключу свой телефон (даже если у меня iTunes настроен на синхронизацию вручную). Если бы во время мини-синхронизации я находился в приложении iPod на телефоне, на экране было бы что-то вроде "Обновление библиотеки".
Я не знал, что вызвало мини-синхронизацию, поэтому я отключил другие приложения, которые я использовал, которые читают библиотеку iTunes (last.fm scrobbler и Lala Mover), но это все же произошло. Единственным, что осталось, был Genius, и отключение, которое, кажется, остановило мини-синхронизацию и сохранило мои маркеры подкастов.