Поскольку антивирусный сканер работает на вашем локальном компьютере, VPN ничего не меняет. Он защищает только ваши данные в сети.
Этот тип сканирования обычно работает путем внедрения DLL в целевые процессы, которые затем перенаправляют трафик на прокси, на котором работает AV-сканер.
Маршрут нормального трафика (с VPN): Браузер → VPN (→ внешняя сеть)
Маршрут трафика AV-сканера (даже с VPN): Браузер → AV-сканер → VPN (→ внешняя сеть)
VPN никогда не сможет защитить данные на вашем локальном компьютере. Если локальный компьютер был скомпрометирован (плохо разработанным антивирусным сканером или чем-то еще), вам ничего не поможет.