У меня есть файл со списком подстрок, как
CAACTTCCA
TGTATCGTG
TTTCAGCTT
другой файл с полным списком строк в отдельных строках, таких как
CAACTTCCAHHHHHCAACTTCCAWWWCAACTTCCA
TGTATCGTGJJJJJTGTATCGTGJJJTGTATCGTG
TTTCAGCTTMMMMMTTTCAGCTTMMMTTTCAGCTT
Я хочу использовать grep для поиска первой подстроки из первой строки и дать индекс соответствия (start index = 1)
Выход должен быть как
1 15 27
1 15 27
1 15 27
Числа означают индекс во втором файле. Первая строка в списке шаблонов должна искать 1-ю строку во 2-м строчном файле (по строкам)
Я лично использовал этот скрипт Python
import re
d = [m.start()+1 for m in re.finditer(str2, str1)]
print (d)