В прошлый раз, когда я построил массив RAID 1 (зеркальный, вы имеете в виду?), IIRC в BIOS дал возможность указать, какой из дисков был дублирован.
Поэтому, если я что-то упустил, вы можете сделать следующее:
- Вставьте диски обратно и разбейте массив.  Это должно дать вам два диска, один из которых немного более современный, чем другой. 
- Решите, какой из двух ваших дисков является основным, и укажите его в качестве источника при перестройке массива. 
BIOS должен просто разбрызгивать содержимое источника над целью (это займет некоторое время), и вы должны вернуться к делу.
Просто убедитесь, что вы знаете, что есть что - физически и по ссылке в BIOS.  Там нет восстановления от выбора неправильного :)