По данным, доступным в файлах .torrent, невозможно определить, существует ли файл в торренте в другом торренте. В стандартном протоколе BitTorrent просто отсутствует поддержка дедупликации.  
Когда создается торрент, все файлы в нем объединяются, а затем разбиваются на части.
example:
Files  |---#1|#2|---#3|-----------------------#4|#5|------#6|-----#7|-------#8|
Pieces |--0|--1|--2|--3|--4|--5|--6|--7|--8|--9|-10|-11|-12|-13|-14|-15|-16|17|
- Все части имеют одинаковую длину, кроме последней.  
- Файл имеет одну или несколько частей.  
- Часть может содержать (части из) более одного файла.  
- Очень редко совпадают внутренние границы файла и фрагмента (кроме случаев, когда используются файлы заполнения).  
- Файл в многофайловом торренте почти всегда содержит фрагмент, совместно используемый с другим файлом.  
Проблема в том, что невозможно создать хеш файла из хешей фрагмента.  
(@jdwolf Даже если файл № 1 и файл № 3 идентичны, все их части хэши будут отличаться.)  
Существует несколько программ для создания торрентов, которые могут добавлять хэши файлов, но нигде не используются.