У меня была точно такая же проблема, и я быстро хотел поделиться своим любительским "решением" здесь.
Проблема: nautilus не будет открывать любую папку, расположенную на рабочем столе, двойным щелчком мыши или щелчком правой кнопкой мыши и "открыть". (Просмотр файлового менеджера и открытие папок рабочего стола оттуда работало нормально - так же, как и все остальное, относящееся к nautilus).
Что я сделал:
Для полноты картины хочу упомянуть, что я начал с удаления, очистки, переустановки, получения и т.д. Nautilus. Будучи скорее новичком, чем экспертом, я не могу правильно оценить, был ли вообще необходим этот шаг, но если вы хотите сделать это:
sudo apt-get purge nautilus
sudo apt-get install nautilus
Как уже упоминалось, это ничего не изменило, но вот моя прорывная попытка: я переустановил gnome-shell:
sudo apt-get install --reinstall gnome-shell
(Я несколько подозревал / догадывался, что что-то еще, кроме nautilus, испортило мои папки на рабочем столе и не позволило ему вести себя хорошо).
Вот и все. Может быть, это работает для вас или, по крайней мере, дает вам подсказку проверить вашу систему на предмет того, что взаимодействует с вашим рабочим столом и не настроено аккуратно.