Вы не сказали, какой дистрибутив Linux вы используете, но я пойду и скажу, что можно запустить эту команду, если вы хотите использовать этот файл при входе в графическое окружение.
echo "source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC" >> /etc/profile
Или, если вы просто хотите получить его при открытии новой оболочки bash в терминале
echo "source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC" >> ~/.bashrc
Я только что увидел в вашем вопросе, что вы хотели получить его во время запуска новой терминальной оболочки, поэтому вторая команда (bashrc) - это та, которую вы хотите, и комментарий ниже верен, если у вас есть проблемы с исходной командой, попробуйте
echo ". /usr/local/gromacs/bin/GMXRC" >> ~/.bashrc
Если вам нужно что-то из этого объяснения, просто прокомментируйте и я сделаю все возможное для вас, надеюсь, это сработает, увидимся