В основном это не имеет значения.
Единственным исключением является установка устаревших операционных систем на современные диски.
Установщики старых ОС имели тенденцию выравнивать разделы по границам "цилиндра". В частности, запуск первого раздела в начале "цилиндра" 1 (сектор 0 был зарезервирован для загрузочного кода и таблицы разделов).
Современные накопители обычно рассматриваются ОС как имеющие 255 "секторов" на "дорожку" и "63" головки. Таким образом, каждый "цилиндр" будет иметь 16065 секторов.
Это было нормально, пока не появились накопители "продвинутого формата". Эти диски имеют размер физического сектора 4 КБ, но размер логического сектора 512 байт. Они работают намного лучше, если операции чтения и записи (особенно записи) кратны размеру 4 КБ и выровнены по границе 4 КБ (8 логических секторов). Нераспределенные записи преобразуются в операцию чтения-изменения-записи, которая может привести к потере данных.
В результате, если вы используете диск "расширенного формата", вы действительно хотите, чтобы ваши разделы начинались на границе 4 КБ (8 логических секторов).
Вы заметите, что 16065 не делится на 8. Поэтому использование старого инструмента ОС для разбиения современного диска с большой вероятностью может привести к смещению.