Я никогда не слышал никаких доказательств того, что диски с ОС на них выходят из строя чаще, чем те, на которых нет. Может быть, это правда, но это не имеет значения. Любой диск может выйти из строя. Существует два распространенных способа управления этим риском: RAID и регулярное резервное копирование. Они не являются взаимоисключающими - вы можете использовать один или другой, или оба. Если вы выберете только один подход, резервное копирование будет немного проще. Вам просто нужно любое другое хранилище (например, внешний диск или сетевое расположение с хранилищем) и запланированное задание. Старый принцип все еще верен: если ваши данные важны, сделайте резервную копию.
Сказав это, отделить ваши данные от вашей ОС все еще хорошая идея. Если у вас произошел сбой одного из дисков, восстановление будет проще, поскольку, по крайней мере, некоторые из ваших файлов останутся нетронутыми.