Я хочу общаться с устройством учета рабочего времени
Надлежащий подход заключается в том, чтобы связаться с производителем конкретного устройства и спросить, предоставляют ли они опубликованный сторонний API для своего устройства и имеют программу поддержки разработчиков.
Есть ли обходной путь для обнаружения порта подключения или типа?
Типичным инструментом является nmap - бесплатный сетевой картограф. Есть и другие инструменты. Не используйте это в любой сети, которой вы не владеете или для которой у вас нет явного разрешения на сопоставление (в идеале в письменной форме). Люди, которые неправильно используют эти инструменты в корпоративной сети без разрешения, часто попадают в суд.
Существует ли какая-либо специальная коммуникационная оболочка или язык программирования для таких устройств, как AT-команды для модемов?
Не существует общепринятого стандарта defacto или dejure специально для устройств учета времени AFAIK.
Можно ли симулировать последовательный поток данных через TCP/IP?
Да, это обычное дело, и для этой цели определено несколько протоколов. Например, Telnet по существу заменил последовательную связь RS232. SSH существенно заменил Telnet. Существует много других аналогичных двунаправленных символьных и линейно-ориентированных протоколов и примеров простых двусторонних прямых TCP-соединений. Многие, если не большинство интернет-протоколов построены поверх простых двунаправленных TCP-соединений, которые работают подобно последовательному соединению RS232. Основными отличиями являются отсутствие отдельных контрольных линий для таких вещей, как управление потоком и состояние конечной точки, отдельно от основного потока данных.
Также существуют (ну, раньше существовали) аппаратные устройства, которые позволяют подключать последовательные устройства к сети TCP/IP. Их часто называли терминальными серверами.
Можно ли непосредственно читать память за ее интерфейсом или записывать непосредственно в ее память?
Это полностью зависит от того, какие средства были специально разработаны для конкретного устройства. Вы не упоминаете конкретное устройство, поэтому общий ответ "в основном нет".