На странице ConEmu, касающейся разъема терминала cygwin/msys, есть примеры, связанные с conemu-cyg-64.exe . Я переназначил их в conemu-msys2-64 в ConEmu 171109 следующим образом (разрывы строк предназначены для удобства чтения):
set CHERE_INVOKING=1
& set "PATH=C:\msys64\usr\bin\;%PATH%"
& %ConEmuBaseDirShort%\conemu-msys2-64.exe /usr/bin/zsh.exe -l -i -new_console:p
Проблема в том, что cat AnsiColors256.ans дает результаты более низкого качества по сравнению с опубликованными на странице ConEmu ниже: 
Также ряд обычных сочетаний клавиш (таких как "дом" и "конец") не работают.
С помощью команды cat можно прочитать коды клавиш и назначить их с помощью bindkey в ~/.zshrc , например:
bindkey "^[OH" beginning-of-line
Интересно, это правильный путь?
Что касается цветов ANSI, я понятия не имею о решении.