Вы можете создать команду, приспособленную к этой конкретной проблеме, я уверен, что другие ответы сделают это. Мой ответ носит более общий характер, возможно, он вам подойдет.
vidir (скорее всего из пакета moreutils ) позволяет редактировать имена файлов в текстовом редакторе. Чтобы выбрать редактор, установите переменную EDITOR .
Таким образом, вы можете использовать многие функции vi , emacs или любого другого редактора, который вы используете. Прочитайте man vidir чтобы узнать, как заставить его работать с подкаталогами, если вам нужно.
Это пример того, как это будет выглядеть в вашем редакторе:
1   ./AdbeRdr9.5.5-1_i486linux_enu.bin
2   ./AdobeAIRInstaller.bin
3   ./Dir1
4   ./Dir10
5   ./Dir2
6   ./bashfile.sh
Номера идентифицируют файлы в данном конкретном экземпляре vidir , за ними следуют вкладки. Вы не можете коснуться этих цифр и вкладок, если не знаете, что делаете. Изменения в именах файлов применяются при сохранении текста.
Если вы боитесь, что где-то есть имя файла с символом табуляции или символом новой строки, и это что-то сломает, сохраняйте спокойствие. Насколько я знаю, vidir в первую очередь откажется работать с ним.
Теперь лучшая часть. Редактор также может работать вне консоли, поэтому возможно:
- Вызвать 
EDITOR=kate vidir , это запустит редактор kate . 
- Скопируйте весь текст и вставьте в LibreOffice Calc; вы получите две колонки.
 
- Управляйте именами, используя инструменты, предоставляемые Calc, чтобы получить выходные данные в виде двух столбцов: числа и новые имена.
 
- Скопируйте эти два столбца обратно в 
kate и замените старый текст. 
- Сохраните текстовый файл.
 
Это очень сильно. Удаление строк и сохранение текстового файла приведет к удалению файлов. Обмен номерами заставит файлы менять имена (или даже пути, если вы работаете с подкаталогами). С большой властью приходит большая ответственность. Возможно, вам следует сначала поэкспериментировать с расходными файлами и каталогами.