Самый безопасный способ - это сделать так, чтобы rsync поместил файлы в альтернативный каталог за пределами документа веб-сервера. Затем измените конфигурацию сервера, указав docroot на новую папку, и дайте сигнал веб-серверу выполнить "изящную" перезагрузку своей конфигурации. С Apache это должно гарантировать, что никакие запросы не будут обработаны или отброшены.
Сигнал USR1 или изящный заставляет родительский процесс посоветовать детям выйти после их текущего запроса (или немедленно выйти, если они ничего не обслуживают). Родитель перечитывает свои файлы конфигурации и заново открывает файлы журналов. Когда умирает каждый дочерний элемент, родитель заменяет его на дочерний элемент конфигурации нового поколения, который немедленно начинает обслуживать новые запросы.
Другими словами, я бы автоматизировал это с помощью сценария оболочки и ssh, а не пытался найти параметры rsync для управления вашим веб-сервером.