Предполагая, что вы имеете в виду следующее:
Иметь жесткий диск с разделами C и D, а символические ссылки находятся в разделе D до переустановки, где раздел D не затрагивается.
Если это так, то да, после переустановки символические ссылки останутся в силе, даже если они указывают на папки на диске C, и не имеет значения, будут ли эти папки изменены при переустановке.
Если по какой-либо причине после переустановки символическая ссылка указывает на местоположение, которое больше не существует, сама символическая ссылка остается в силе, она обрабатывается так же, как обычно, если вы создаете символическую ссылку на папку, затем удаляете ее место назначения или создаете символическая ссылка на несуществующую папку. При попытке доступа к папке выдается ошибка «этот файл / папка не существует».
Если символические ссылки находятся на диске C, то, в зависимости от того, где они расположены, они будут или не будут заменены переустановкой Windows. В основном все папки, созданные / измененные установкой Windows, будут перезаписывать символическую ссылку. Таким образом, C:\Users, C:\Program Files (и версия x86) C:\ProgramData и C:\Windows (включая вложенные папки) подвержены влиянию этого способа.
Но C:\MySymLink не будет перезаписан, если вы не отформатируете диск C:\ во время установки или не выберете удаление файлов во время сброса Windows.