Кажется, я не могу передать переменные среды в сценарии, отправленные в планировщик кластера через bsub . Это прекрасно работает, когда я отправляю команды, которые напрямую используют эти переменные среды, но эти переменные среды нельзя использовать в последующих сценариях. Почему это так и как я могу это исправить?
Вот простой пример, где я пытался передать x=1 в скрипт:
me@cluster:~[407]$ bsub -I -tty -env 'x=1' 'echo .$x.'
Info: No jobname given, set to: Job_with_no_name
Info: No output file given, set to: output_%J_%I.txt
Info: No memory limit given, set to: 512MB
Info: No runtime limit given, set to: 15min
Job <35590315> is submitted to queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on linuxbmc0243>>
.1.
me@cluster:~[408]$ echo 'echo .$x.' > myechox
me@cluster:~[409]$ more myechox
echo .$x.
me@cluster:~[410]$ chmod +x myechox
me@cluster:~[411]$ bsub -I -tty -env 'x=1' myechox
Info: No jobname given, set to: Job_with_no_name
Info: No output file given, set to: output_%J_%I.txt
Info: No memory limit given, set to: 512MB
Info: No runtime limit given, set to: 15min
Job <35590318> is submitted to queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on linuxbmc1279>>
..
me@cluster:~[412]$ bsub -I -tty -env 'x=1' 'export x;myechox'
Info: No jobname given, set to: Job_with_no_name
Info: No output file given, set to: output_%J_%I.txt
Info: No memory limit given, set to: 512MB
Info: No runtime limit given, set to: 15min
Job <35590340> is submitted to queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on linuxbmc1045>>
..
Обновление: это работает:
me@cluster:~[456]$ bsub -I -tty -env 'x=1' 'export x=$x;myechox'
Info: No jobname given, set to: Job_with_no_name
Info: No output file given, set to: output_%J_%I.txt
Info: No memory limit given, set to: 512MB
Info: No runtime limit given, set to: 15min
Job <35609253> is submitted to queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on linuxbmc0975>>
.1.
Тем временем я также обнаружил, что bsub предпочитает использовать с bsub < scriptfile а не bsub scriptfile ; По-видимому, это необходимо для включения анализа встроенных параметров (с использованием #BSUB), а также объясняет, почему переменные устанавливаются только локально (поскольку не требуется вызывать под-скрипт).
Тем не менее, теперь я тоже попробовал это, что, на удивление, не работает:
me@cluster:~[457]$ bsub -I -tty -env 'x=1' < myechox
Info: No jobname given, set to: Job_with_no_name
Info: No output file given, set to: output_%J_%I.txt
Info: No memory limit given, set to: 512MB
Info: No runtime limit given, set to: 15min
Job <35609459> is submitted to queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on linuxbmc1140>>
..
Обновление 2: я попытался сначала export x , что имеет тот же эффект, что и -env 'x=1':
me@cluster:~[458]$ export x=1
me@cluster:~[460]$ bsub -I -tty 'echo .$x.'
Info: No jobname given, set to: Job_with_no_name
Info: No output file given, set to: output_%J_%I.txt
Info: No memory limit given, set to: 512MB
Info: No runtime limit given, set to: 15min
Job <35610151> is submitted to queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on linuxbmc1140>>
.1.
me@cluster:~[459]$ bsub -I -tty < myechox
Info: No jobname given, set to: Job_with_no_name
Info: No output file given, set to: output_%J_%I.txt
Info: No memory limit given, set to: 512MB
Info: No runtime limit given, set to: 15min
Job <35609990> is submitted to queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on linuxbmc1140>>
..
Обновление 3: это, опять же, работает, что я считаю ответом на мой вопрос:
me@cluster:~[571]$ (echo export x=$x && cat myechox) | bsub -I -tty
Info: No jobname given, set to: Job_with_no_name
Info: No output file given, set to: output_%J_%I.txt
Info: No memory limit given, set to: 512MB
Info: No runtime limit given, set to: 15min
Job <35641024> is submitted to queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on linuxbmc1045>>
.1.