У меня была такая же проблема сегодня, и я проверил также программу rmtrash, приведенную выше. К сожалению, все найденные решения перемещают файлы в домашний каталог.Корзина.
С другой стороны, Finder перемещает его в разные папки -Trash в зависимости от точки монтирования файловой системы файла.
Так что самое простое решение, которое я могу придумать (создано на 10.5.8. Быть проверенным на более новых версиях OS X) это:
osascript -e 'tell application "Finder" to delete POSIX file "'FULL FILENAME HERE'"'
Вот сценарий оболочки, который я создал для него:
#!/bin/bash
declare -a files
for f in "$@" ; do
    if [ -r "$f" ] ; then
        case "$f" in
        /*) ;;
        *) f="$( pwd )/$f" ;;
        esac
        files=("${files[@]}" "$f")
    else
        echo "Can't find '$f'" >&2
    fi
done
if [ ${#files[@]} -gt 0 ] ; then
    osascript -e '
    on run argv
        repeat with f in argv
            set x to (POSIX file f) as string
            tell application "Finder" to delete x
        end
    end
    ' "${files[@]}" > /dev/null
fi