Команда bash на Mac-терминале больше не работает

Question

Я пытался установить Blastn на моем Mac, но во время работы испортил мою команду bash, я думаю (не специалист ...)

- using the nano command nano ~/.profile
- i`ve changed my PATH; export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:${PATH}
- now i can not run any command anymore in the terminal (also other shell)

-bash: экспорт: `/Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/ncbi/blast/bin ': неверный идентификатор

Поскольку я не специалист, я застрял, как все изменить обратно ...

Answer 1

• теперь я не могу больше запускать какие-либо команды в терминале (также в другой оболочке)

Эта часть вашей проблемы происходила со мной, поэтому я сделал следующее:

1) набрав в терминале команду export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin" , чтобы он временно работал

2) Редактировать bash_profile, набрав /usr/bin/open ~/.bash_profile -a TextEdit

3) Когда я открыл свой файл bash_profile, я понял, что export последней строки выглядел очень запутанным с некоторыми странными символами, поэтому я смог полностью export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH

Я абсолютно новичок в этом, но мне удалось сделать эти шаги, читая фрагменты решений по различным вопросам на SE, так что надеюсь, что это может помочь кому-то еще.

Answer 2

Это должно сбросить переменную PATH к ее значению по умолчанию и заставить ваши команды работать снова:

PATH=$(getconf PATH)

Тогда вместо использования

export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:${PATH}

использовать:

export PATH="$HOME/blast-2.2.22/bin:${PATH}"

Наконец, если вы добавляете определение PATH в .profile или .bashrc , вы можете протестировать изменения, выполнив bash -l . Это вызовет bash как подоболочку, но будет работать так, как будто вы вошли в систему. Вы можете проверить, работают ли изменения так, как вы хотите, а затем набрать команду exit чтобы завершить эту подоболочку и вернуться в исходную оболочку входа.

Answer 3

Три шага: во-первых, вы, вероятно, можете запускать команды из терминала. Вы просто каким-то образом испортили свой путь поиска. Но вы все равно можете запустить программу, указав ее полный путь.

Например, /usr/local/bin/bash все равно запустит bash, даже если /usr /local /bin / не указан в вашем пути поиска. (измените путь по мере необходимости, я понятия не имею, где OS X хранит Bash по умолчанию. Я просто использовал место, где bash находится во FreeBSD).

Так что, да, вы можете запускать команды. И вы можете использовать эти команды, чтобы исправить положение.

Во-вторых, вам не нужно искать все пути. Установить новый путь для вашей текущей оболочки должно быть так же просто, как набрать export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin" и нажать Enter или Return. Это временно только для открытой оболочки, но это значительно облегчит восстановление.

В-третьих, давайте попробуем найти ошибку и навсегда ее исправить.

Сообщение об ошибке совершенно ясно. Цитирую свой пост: export: /Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/ncbi/blast/bin': not a valid identifier

Где-то в ваших правках есть ошибка. Снова откройте .profile, временно восстановив пути (см. Раздел 2) или указав полный путь.

Если у вас есть резервный файл, восстановите его. Если нет, ищите записи вроде этого:

PATH=/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/mysql/bin:$PATH или
`PATH = "$ PATH:/newfoldertosearch"

Найдите свои собственные правки. Удалите их (или раскомментируйте, поставив перед ними знак # а затем попытайтесь найти ошибку. Это может быть так же просто, как иметь; вместо: Другими легко пропущенными вещами являются пробелы или непечатные символы.

Во время редактирования не закрывайте текущую оболочку. Оставьте известный рабочий (или известный временно восстановленный) открытым и протестируйте его во второй оболочке. Что является хорошей практикой для любых изменений в вашем профиле.

PS: знак плюс в конце ncbi-blast-2.6.0+ в строке без кавычек может иметь место, но у меня нет OSX для тестирования.