Если вы запустите обычный mount вы увидите (среди прочего) что-то вроде этого:
/dev/sdb1 on /mnt type whatever (rw,…)
/dev/sdb1 on /home/user/mountpoint type whatever (rw,…)
И даже если ваша вторая команда использует существующий каталог /mnt/foo/bar вместо /mnt приведенный выше результат будет таким же. Обратите внимание на /dev/sdb1 в обеих строках. Вывод: это смонтированная файловая система (или ее часть), а не путь, подобный /mnt/foo/bar .
Мои тесты (на Kubuntu 16.04.3 LTS и Debian 8) показывают, что их можно umount в любом порядке. Мне кажется, что /mnt (или /mnt/foo/bar) во второй команде используется только для определения, какую часть какой файловой системы вы хотите смонтировать снова. После этого вторая точка монтирования несколько автономна.
Однако если вы делаете
mount --bind /mnt/foo/bar /home/user/mountpoint
rmdir /mnt/foo/bar
тогда вы не сможете создавать файлы или каталоги в /home/user/mountpoint . Запустите ls -a /home/user/mountpoint и вы ничего не получите (даже не .).