Я не уверен, есть ли "общий список" для файлов, но вы можете попробовать и запустить его по-разному для определенных файлов / с
chkdsk [том [[путь] имя файла]]] [/F] [/V] [/R] [/X] [/I] [/C] [/L [: размер]]
где путь / имя файла только для FAT / FAT32 и определяет файлы для проверки на фрагментацию. остальные характеристики, приведенные ниже:
/F Fixes errors on the disk.
/V On FAT/FAT32, this displays the full path and name of every file on the disk. On NTFS, this displays cleanup messages, if any.
/R Locates bad sectors and recovers readable information (implies /F).
/L:size NTFS only. Changes the log file size.
/X Forces the volume to dismount first if necessary (implies /F).
/I NTFS only. Performs a minimum check of index entries.
/C NTFS only. Skips checking of cycles within the folder structure.