Нашел ответ на первый вопрос. Это решает проблему в мате-1.14.
Чтобы установить (скрыть) определенные пункты в меню MATE для всех пользователей, вам необходимо отредактировать файл
/etc/xdg/menus/mate-preferences-categories.menu
Например, вы можете просто удалить строки:
<Menu>
<Name>Hardware</Name>
<Directory>mate-hardware.directory</Directory>
<Include>
<And>
<Category>Settings</Category>
<Category>HardwareSettings</Category>
<Not><Category>System</Category></Not>
</And>
</Include>
</Menu>
Если вы хотите удалить ссылку на "Центр управления" и пункт "Администрирование", то вы можете удалить нужные разделы в /etc/xdg/menus/mate-settings.menu.
Это какой-то грязный хак, но он работает :)