Может ли пользователь компьютера получить доступ к любой информации, которую он хочет, через ядро в базовой системе, на которой работает Wine, или все еще применяется нормальная безопасность Windows?
Что ж, безопасность Windows применяется в той степени, в которой Wine эмулирует / реализует ее. Так что это зависит от того, что именно вы подразумеваете под "безопасностью Windows".
Что определенно будет применяться, так это безопасность базовой ОС, на которой вы запускаете Wine.
Для хостинговой ОС wine - это просто другое приложение, и к нему применяются все ограничения доступа к файловой системе WRT, доступа к сети и т.д. Таким образом, Windows EXE, запускаемая в Wine, может делать все то же, что и обычная программа. Поэтому, если вы хотите ограничить приложение, работающее в Wine, лучше всего запускать wine под учетной записью пользователя с ограниченными правами или в chroot (если у хост-ОС это есть).