Причина, по которой некоторые остаются на внешнем диске, заключается в том, что он копирует их по одному. Например, скажем, у вас есть пятьдесят файлов для копирования. Вы запускаете копирование и в четвертом файле решаете, что потребуется много времени и остановите копирование. На целевом диске должно быть три файла, которые были скопированы до того, как вы отменили его в четвертом файле.
На второй вопрос, нет, это не должно повредить ни одному из исходных файлов, чтобы отменить копию до ее завершения. Вы можете безопасно удалить любые файлы, которые уже были скопированы в место назначения на целевом диске, оставив все исходные файлы с вашего ПК в такте.