Самым простым является использование robocopy с правильными аргументами. Robocopy - это надежная программа копирования, в которой вы можете указать ей, как копировать файлы. Это подойдет вам, используя это как:
robocopy c:/source c:/destination /e
Параметр "/e" указывает ему скопировать все подпапки и файлы. Поскольку нет никакой спецификации, как копировать, она будет копировать только файлы, без прав и атрибутов.
Чтобы скопировать один файл:
robocopy c:/source c:/destination file.exe
Источник: http://ss64.com/nt/robocopy.html