Насколько я знаю, нет возможности сделать это официально через настройки (проверено в VLC 2.2.3).
Есть несколько альтернативных решений, недостаток которых ни один из них не идеален:
1 - Переключите опцию "Продолжить воспроизведение" на "Спросить"
Проблема в том, что если вы пропустите уведомление «Продолжить», где вы остановились, то вам придется вручную искать, где вы были.
Вот как можно изменить настройку:
Инструменты> Настройки> Нажмите «Все»

Интерфейс> Параметры интерфейса> Qt> Параметры раскрывающегося меню для продолжения воспроизведения

Вот как выглядит уведомление:

Это показывает около 5 секунд. Пока он показывает, он уже запустил файл с самого начала (поэтому он не будет «ждать», пока не получит щелчок или не пройдет пять секунд).
2 - Используйте другой плеер для музыки
Не удобное решение, если вы так привыкли использовать VLC. С другой стороны, есть много хороших музыкальных проигрывателей, так что вы можете найти тот, который вам нравится больше, чем VLC.
Согласно статье Lifehacker, MusicBee довольно хорош. Я знаю, что Winamp был довольно хорош, но они отключились некоторое время назад.
Примечание: могут быть и другие способы сделать это неофициально. Возможно изменение исходного кода.