Вам нужно проверить настройку нумерации списка "многоуровневого" для стилей Приложения в вашем документе. На вашем снимке экрана я подозреваю, что они настроены на тот же стиль нумерации списков, что и нумерация вашего основного предложения.
Если вы хотите, чтобы они отображались в Приложении A на основном уровне, вам нужно иметь два отдельных списка стилей - один для нумерации предложений (так что это будут ваши 1., 1.1 и любые другие более низкие уровни, например (a), (i) и т. д.), а затем создайте отдельный стиль списка для нумерации вашего Приложения.
Во втором списке стилей у вас будет стиль Приложения А, прикрепленный к уровню 1, стиль А.1, прикрепленный к уровню 2, и стиль А.1.1, прикрепленный к уровню 3 и т.д. (В настоящее время ваш стиль Приложения А прикреплен к более низкому уровню на схема нумерации, поэтому она отображается в диалоговом окне с перекрестными ссылками с отступом - она отражает прикрепленный уровень нумерации).