Несмотря на то, что LBA адресуется жестким дискам десятилетиями, Microsoft все еще использует CHS для глупых вещей в MBR даже в самых новых версиях Windows. Вот почему изменение перевода CHS в любом случае приводит к тому, что Windows не загружается. Или почему иногда разделение полностью искажается, если вы создаете раздел с Linux, а затем меняете раздел с помощью Windows.
Поэтому, когда Windows создает разделы, она все еще пытается выровнять, чтобы отслеживать границы. Особенно в конце диска. Это не только вина Microsoft, потому что есть некоторые старые BIOS, которые ограничивали бы доступ к неполным трекам CHS в конце или даже имели бы одно за другим в счетчике треков. Тем не менее, они должны были давно исчезнуть, и это обычно работает нормально, если вы создаете разделы с Linux и не затрагиваете разделение в Windows.
tl; dr: наследие причин.